Inicializar o Xpadder
Após descompactar o arquivo, você precisa executar o arquivo Xpadder.exe. Se for a primeira vez que você está executando o programa, será mostrado uma tela de boas vindas (figura 1). Clique no botão "Start" para prosseguir. Em seguida você deve escolher qual pasta o Xpadder deve utilizar para salvar o arquivo de inicialização, arquivos de layout e arquivos de profile (figura 2). Recomendo a escolha da pasta do programa ("Program Location"). Por fim, você deve escolher se deseja associar arquivos do Xpadder ao Windows para que, quando 2 cliques forem dados, por exemplo, em um arquivo de profile, o Xpadder seja aberto automaticamente e com o profile em questão já carrego (figura 3). Se você não entende do assunto, simplesmente clique em "Associate".

Figura 1: Tela inicial do programa (1º vez)

Figura 2: Pasta que o programa utilizará

Figura 3: Associando o Xpadder ao Windows
2º Passo - Configurar o Xpadder
Criar um Layout
Um layout, nesse caso, é um arquivo com as definições de um determinado controle. Nele está especificado quantos botões e direcionais existem no gamepad usado (o ideal é ter um layout para cada joystick). Nesse tutorial irei configurar um controle de PC USB (Generic USB Joystick), semelhante ao controle de PS2, com 12 botões (analógico também tem botão), 1 direcional digital e 2 direcionais analógicos. Para criar um layout, clique no ícone de Layout e depois clique em "New" (figura 4).

Figura 4: Criando um arquivo de layout
Colocar no Xpadder a imagem de um controle
Na tela de configurar o joystick há diversas abas. Comece clicando na aba "Image" (figura 5). Nela você pode colocar uma imagem de controle que você possua (clique em "Open") ou então desenhar sua própria imagem (clique na aba "Draw"). Essa etapa não é obrigatória, mas usa-la ajudará você a identificar os botões e direcionais. Optei por não usa-la no tutorial, mas com as explicações acima você pode usar a sua (baixe a imagem do seu controle no site do Xpadder).

Figura 5: Colocando uma imagem de controle
Detectar o direcional analógico
Clicando na aba "Sticks" (figura 7) você irá configurar os direcionais analógicos, isto é, se o seu joystick tiver algum. Caso seja esse o seu caso, clique em "Enable" e depois em "Detect". Será mostrado na tela a seguinte imagem:

Figura 6: Detectando as direções do controle
Quando ela aparecer você simplesmente precisa mexer seu direcional analógico no sentido pedido. Por exemplo, na imagem acima está escrito "Left", que significa "Esquerda". Os outros sentidos são "Up", "Down", "Right" que significam "Cima", "Baixo" e "Direita" respectivamente. Se o seu controle tiver 2 direcionais analógicos (por exemplo, controle de PS2), então clique na aba "Stick 2" para configurar o segundo analógico.

Figura 7: Detectando os controles analógicos
Detectar o direcional digital
Na aba "DPad" (figura 8) você irá configurar o direcional digital. Sua configuração é igual ao analógico, ou seja, clique em "Enable", depois clique em "Detect" e, por fim, aperte seu direcional nas posições pedidas (up, down, left e right). Repare que conforme você for configurando o joystick, os itens já detectados ficam na tela do programa.

Figura 8: Detectando os controles digitais
Detectar os botões do controle
Na aba "Buttons" (figura 9) você irá detectar os botões do seu gamepad. Para detecta-los simplesmente pressione-os uma vez cada. O controle usado nesse tutorial é semelhante ao controle de PS2, mas é para PC. Ele tem 12 botões, incluindo os 2 botões dos analógicos (aperte o direcional analógico para baixo).

Figura 9: Detectando os botões do joystick
Organizar o layout do controle
Por fim, clique na aba "Finish" (figura 10). Agora que os botões e direcionais já foram detectados, recomendo a você organizar os botões e direcionais na tela. Para isso, simplesmente arraste-os para a posição desejada. Se você usar uma imagem de um controle a organização ficará melhor ainda. Depois de organizar, clique no botão "Close". Será mostrado uma janela de confirmação. Simplesmente clique no botão "OK". Agora você só precisa salvar o layout criado. Para isso, clique no ícone de Layout e depois clique em "Save as...". O nome do layout e o local onde ele será salvo ficam a sua escolha.

Figura 10: Organizando os elementos do layout
Criar um Profile
Profile, no Xpadder, é um arquivo com a configuração para um determinado jogo de PC, aplicativo ou até mesmo um flash game. Por exemplo, você quer que quando um determinado botão do joystick for pressionado, seja simulado o pressionamento da tecla "R" do teclado, que em um certo jogo faz o personagem pular. Você pode simular qualquer botão do teclado, botão do mouse e até o movimento do mouse. Como exemplo, esse tutorial irá configurar um profile para o jogo Megamari. Nesse jogo são usados as teclas de setas para movimentar a personagem, "X" para atirar e "Z" para pular. Recomendo a você criar um profile para cada jogo ou aplicativo que você pretende usar com o Xpadder.Enfim, voltando ao tutorial, clique no ícone de Profile e depois clique em "New" (figura 11).

Figura 11: Criando um arquivo de profile
Atribuir os comandos
A atribuição de comandos, ou seja, especificar o que será simulado quando um botão do joystick for pressionado, é simples. Clique em um elemento que representa o botão do joystick (ou direcional). Será aberta uma tela com um teclado e um mouse para você escolher o que será simulado (figura 12). Clique no desejado. Faça isso com todos os comandos que você deseja simular. Nesse tutorial, por exemplo, foi simulado as teclas "Cima", "Baixo", "Esquerda", "Direita", "X" e "Z", que são as teclas usadas no jogo Megamari. Faça a atribuição conforme o seu jogo, ou seja, você precisa conhecer quais são os comandos utilizados durante o jogo para poder os simular sem problemas. Não se esqueça de salvar o profile após você o criar ("Save as...").

Figura 12: Atribuindo a simulação
3º Passo - Usar o joystick (gamepad ou controle)
Para usar o joystick configurado pelo Xpadder, você só precisa deixar o programa aberto (pode minimizar) e rodar o seu jogo. Enquanto o Xpadder estiver aberto, os comandos atribuídos no profile atual serão executados. Na próxima vez que você abrir o programa, você só precisará abrir o Layout e Profile desejado (se eles não forem padrão) através da opção "Open" de seus ícones.
Extra - Como configurar dois controles no Xpadder
A configuração de 2 controles no Xpadder é praticamente igual ao que foi explicado acima, sendo que a diferença é que você também precisará mapear o segundo controle. Para isso, clique na segunda aba do programa (veja imagem abaixo) e mapeie normalmente, so que agora a configuração terá efeito para o segundo joystick.

Figura 13: Configurando dois controles no Xpadder